Terbentuknya Hari Kesehatan Nasional sudah ada semenjak mewabahnya penyakit malaria yang menjangkit seluruh masyarakat di penjuru negeri. Upaya pembasmian penyakit Malaria pun mulai dilakukan tepatnya pada tahun 1959 dengan dibentuknya Dinas Pembasmian Malaria oleh pemerintah yang bertanggung jawab kala itu. Berselang empat tahun kemudian, tepatnya pada tahun 1963, namanya kemudian diganti menjadi Komando Operasi Pembasmian Malaria yang disingkat menjadi KOPEM.
